Пакуем все зависимости независимо от уровня вложенности

[TRam_]

через среду виртуализации

Среда виртуализации исполняется внутри одной из операцонок, а не параллельно ей.

Но так как всё это качалось скопом (не выкачивать же каждый куид по отдельности, да и множество таких архивов качалось не отсюда), каждый такой пакет представлен единым архивом. Вот я и хочу эти архивы распаковать, чтоб удалить повторяющиеся элементы.

То есть нужно сделать наборам куидов операции логического "и" и операции логического исключения?

Вообще же в конент-мененжере можно в настройках убрать галочку "сразу устанавливать котент", и "предустанавливать" его, это длится сравнительно быстро. Потом, после всех нужных операций с фильтрами, делать Revert to unchanged.

А так котент-мененжеры умеют производить "и" и "или" для множеств куидов, так что проще научиться пользоваться ими, и перезапаковать все нужные группы куидов.

и имею желание сохранить все возможные варианты

Ну если для истории, в плане "переустановить ТРС и поставить определённый вариант маршрута с набором куидов от его автора" то может идея в каком-то смысле здравая, особенно если у автора разные объекты оказались с совпадающими номерами куидов, что приводит к вылетам (как например произошло с картой Родина). Но в целом более новые версии куидов, если они подходят к версии trainz, карту не портят.