Вопросы по составлению графиков движения поездов

[Механист]

Вот и объясните мне теперь как у нас хотят повысить участковые скорости урезая перегонные времена ходов, если есть вот такие вот стоянки.

Это следствие старой традиции: "не будем ничего менять, а то мало ли что, ездят - и ладно". Люди-то хотят возиться поменьше, а денег - побольше.
Иногда это даже лучше, чем когда перекраивают все по-новой.

Есть замечательный поезд 458 который приезжает в Питер за час до открытия метро... и что там народу делать?

ЖД не обязана учитывать графики работы метро, ведь оно может быть более чем в одном городе. И тогда, например, прибытие в Питер в "неудобное" ранее утро означает отъезд из Москвы в очень удобный вечер и наоборот.
А если маршрут длинный, как тот же 458? Сдвигать все станции на час вперед не всегда удобно, а продлевать маршрут на час - так пусть лучше люди ждут в городе!