Маршрут Петербург-Выборг

[E69]

Что для меня осталось загадкой, так почему он не дает переименовать параметр
"Name ( Japanese )", как только переименовываю, начинает ругаться на ref файл и вылетает (экспериментирую естественно на копии).

Не помню как, я менял когда-то имя. Попробуй кавычки " ", особенно если в имени скобки или пробелы. В принципе проблем из-за milepost.dat быть не должно.

Т.е. для нивелирования подъема пути использовал по его концам 100 метровые секции имеющие уклон равный половине от уклона основной 500 метровой секции.

Нормально. При разности уклонов 0,3 и даже 0,45 стыки вроде бы плавно смотрятся. Можно использовать более короткие секции, но это увеличит число объектов на тайле, что тоже плохо.
Если хочешь достичь абсолютного реализма - тогда ищи у путейцев или по СНиПам радиусы вертикальных кривых, чтобы рассчитать длины переходных участков, но я думаю извращаться так незачем.