MSTS: первые шаги. Есть несколько вопросов

[E69]

как мне переводить стрелки?

Что-то я не помню там функции с автоматическим переводом. В 'explore route' стрелки переводишь сам, в сценариях путь задан и изменить его нельзя.
Переводятся стрелки: кнопкой G стрелка, которая впереди и Shift+G которая сзади (если надо ехать задним ходом).

Остановился... и теперь ждать пока не загорится зелёный?

Да, остановиться не проезжая сигнала и ждать пока не загорится желтый или зелёный.
Если по логике сценария (обычно при маневрах) требуется заехать на занятый путь, то перед красным надо нажать Tab. Если диспетчер ответит 'Permission guaranted' то можно проезжать под красный, если 'Permission denied' - всё равно нет.

3. Горит жёлтый свет. Его проезжать просто на пониженной скорости?

Ограничение скорости, соответствующее сигналу, можно посмотреть например на Track Monitor (кнопка F4).