Какую версию Trainz выбрать?

[TRam_]

По первому:

1) есть локомотивы, которые всегда запущены
2) есть локомотивы, запускаемые с одной (двух, трёх) кнопки в браузере опций
3) есть локомотивы, у которых есть проработка процедур запуска и работа некоторых приборов
4) есть локомотивы, у которых реализовано большинство алгоритмов

Действительно ли столько геморроя с установкой дополнительных маршрутов и локомотивов?

ну опять же, всё зависит от маршрутов и локомотивов. Есть те, которые скачиваются в 2х файлах ("пак используемых дополнений"+"карта и сессия с настроенной сигнализаций" либо "локомотив"+"запчасти к локомотиву"), а есть те, у которых пака нету или он неполный (то есть всё нехватающее надо добывать по крупицам)

Есть ли миссии как в RW?

Очень мало. Но есть. Называются "сценариями" - http://forum.trainzup.net/forumdisplay.php?f=30