Проблемы с моделированием в Trainsim modeler

[E69]

она исчезает (перестаёт отображатся). Можно ли это как устранить?

Можн. Об этом хорошо написал Окраса Гиа в мануале к X-tracks для разработчиков.
Кратко: 1) при конвертации не ставишь галочку "сжимать .s файл"
2) открываешь .s вордпадом
3) ищешь там в начале файла строку "vector ( X Y Z ) R" и делаешь так, чтобы число R было немного больше, чем любое их X,Y,Z. Сильно много тоже не надо, чтобы не перегружать игру.
4) Сохраняешься и смотришь в игре. Должно стать лучше.

Просто наткнулся на проблему создания свода арки.

Нет, резать нельзя. Но свод можно создать разными способами.
Например, склейкой нескольких деталей в одну или вытягиванием нужной фигуры по шаблону (template). Но при этом вместо одного полигона, создающего стену, в которой прорезается арка, придется вручную создавать много маленьких, обязательно выпуклых. Или проще - прорезать арку альфой на текстуре.
Можно использовать состоящие из нескольких секций параллелепипед (box) или призму (tube), выгнув их форму нужным образом.
На самый худой конец - сложить из нескольких отдельных деталей. Но при этом может не удасться добиться корректной работы сглаживания (если свод круглый).