Так и должно быть. Эта программа архивирует весь ПС, неиспользующийся в конкретном действии. Если Вы хотите вернуться к первоначальному виду, то нужно: открыть Nrain Store, нажать на Tools далее Unstore Everything и нажать на ок. Всё программа разархивирует и вернёт на место весь ранее архивированный ПС.
А про пользование данной программой было написано в нескольких сообщениях и темах на разных сайтах. Лучше всех про это знает Sfateef.