Идем
сюда, забиваем свою систему и путь к папке МСТС, генерируем файл, он выводится на экран - смотрим корневые ветки реестра:
Microsoft Games\Train Simulator
Microsoft Games\Train Simulator Tools
Classes\.apk
И удаляем их, если удалите лишнее (Classes целиком, например) Windows опадет как озимые.
А вообще можно и не париться - МСТС делает в реестре объем записей ровно 1% от любого продукта того же адобе, даже если пара веток останется - на систему это никак не повлияет, в любой системе ссылок в реестре на удаленные уже файлы в десятки раз больше, чем от МСТС.