я бы согласился даже если стрелки переключаются не очень одновременно. а чтобы поезд остановился в нужном месте наверно придется выделять блок исключительно для остановки локомотива или удлиннять станционные пути. но это как бы вторичные проблемы решаемые при отладке. я сейчас просто не представляю как подступится к этому jmri в части автоматизации. еще нашел вот такую штуку -
http://wiki.rocrail.net/doku.php
и еще про нее -
http://en.wikipedia.org/wiki/Rocrail
если она делает то, что декларируется в описании, то она мне могла бы подойти