Процесс пересоздания пришлось делать 2 раза. В первый раз выявил какие светофоры необходимо удалить. Второй раз перед пересозданием удалил все глючные светофоры и проблема решена. Выявились нестыковки путей - нахлест одной секции на другую.
Есть еще небольшая проблемка с английской стрелкой.
В редакторе разрывов в секциях не показывает. Центральная точка - крестовина, а вот между левыми стрелками разрыв. Удалив левые стрелки разрыв появляется на правых.