Применять команды, которые управляют поездом не из режима "автопилот". Правда пока я знаю только одну такую (и предназначенную совсем для другого - надвига состава на горку) - "движение до светофора z7/ до маркера" из пакета z7-xPath v2.6A (
http://trainzup.com/?p=1892). Но там макс. скорость - 40 км/ч.