Флоппи диски жили и будут жить!
А по существу - если на половине компов флешка не открывается - скорее всего ей нужны драйверы - особенно если не для Windows XP и выше. Если какие-то файлы не читаются - то первый способ - проверить диск на ошибки, чтобы затем попытаться скопировать всю инфо. Затем формат и пробная запись на флешку, чтобы убедиться, что всё записалось хорошо. Если после форматирования некоторые данные или не записываются, или записываются, но нечетабельны, в этом случае стоит уже задуматься о приобретении новой флешки.
Не стоит также вытаскивать её раньше времени, чтобы не вытащить в момент записи. Считывание вроде бы не так опасно, главное чтоб не запись. Это аналогично дискетам - при считывании с ними всё ок, а при записи... (лично проверял
)