[Zlodey]

У тебя всё там уже должно быть на месте (я про uid'ы, они выглядят как множество цифр и букв, стоящих группами через дефисы, просто найди соответствующие подразделы в реестре), только вместо тындекса будет Bing, MSN или ещё что. Поменяй строки на те, что выше, строчки с юидами не трогай. А clid найди у себя же в реестре (или в резервной его копии) в аналогичной строке с указателем на yandex. Этот id будет в нескольких местах, везде один и тот же.

Полагаю, что ты повыпиливал SuggestionsURL_JSON и URL повсюду, где нашёлся Яша (эти два параметра как раз должны отвечать за предложения поиска и передачу твоего запроса из адресной строки в конкретную поисковую систему).
Этот случай для IE, и так во всех разделах, связанных и с другими браузерами, по аналогии.
Если проблема только в этом, то всё должно заработать (это если только поиск из адресной строки отхлебнул). Но я вангую, что это, скорее всего, никак вопрос не решит, ибо даже переустановка не помогает. А значит, проблема глубже.

Ты так и не ответил: у тебя поиск из адрески отвалился или даже с главной страницы ya.ru ничего не ищется?

Лучше просто перезалей реестр из резервной копии (мало ли что ты ещё убил попутно), или прогони на сравнение (в тотал коммандере в меню "файл" или "выделение" будет соответствующий пункт), посмотри какие строки где отличаются или отсутствуют, а дальше копи-паст.

Если даже это не поможет, то фиг знает. Сбрасывай куки, проверяйся на вирусню, меняй IP и MAC, бей в зелёный барабан.