Я с этой проблемой сталкивался неоднократно. Методом тыка выяснил, что она возникает там, где ответвление на боковой уложено в обратном направлении от основного (т.е. треки клали не в одну сторону). Выкрутился так. Триггеры переводят стрелки в нужное положение, но перед командой "прицепиться к" добавляю "автопилот/стоп у триггера..." и указываю триггер за несколько метров до прицепляемого вагона. В этом случае глюка с самопроизвольным переводом стрелки куда не надо не происходит!