[MJack]

Почему у вас всё так сложно? Если хотите использовать TrainStore (хотя есть и другие, более простые способы замены функционала этой программы), то вы должны перед использованием в RTS вернуть "на место" ВСЕ НЕОБХОДИМЫЕ ФАЙЛЫ. Какие именно - зависит от конкретного ПС.
Установите локомотивы (с кабинами, звуками, патчами адаптации и т.д.) в отдельную папку и потом копируйте их в папку MSTS перед использованием в RTS, раз вы не можете обойтись без TrainStore. Т.е. вам придется "вручную" делать это вместо программы TrainStore, раз она не может это сделать сама.

P.S. Не понимаю... зачем наступать на те же грабли снова и снова, если можно применить другой способ, который намного проще и с которым не возникает куча проблем. Раз вы не хотите даже попробовать другие способы, то мучьтесь дальше со своим TrainStore.