Отключение опции конвертации в бинарный формат нужно для того, чтоб открыть S файл блокнотом, не разжимая из бинарного формата каждый раз специально для правки (сжатый в бинарный формат файл блокнотом не редактируется).
Обратно сжимается с помощью сторонней проги (прогу см. выше) для экономии места, т.к. симулятор прекрасно читает бинарные файлы, а сам файл при этом сжат в 3-4 раза, это начнет сказываться на размерах роута уже после 20-30 S файлов.
Если ты снова создашь файл с опцией convert to binary в ТСМ он просто перепишет исправленный шейп новым, с ошибкой и сожмет в бинарный формат, потому сжимает исправленный файл отдельная прога.
Попавшие в W файлы корявые объекты можно удалять непосредственно из W файлов маршрута, главное чтобы за ними не тащилась отдельная группа VDbIdCount ( [порядковый № начиная с "1"] ) с кривыми параметрами, которые в этой группе и прописаны.
Отдельные группы VDbIdCount с серийными № от 1 удаляются автоматически при повторном сохранении тайла (после перемещения любого объекта), а установленным объектам присваиваются стандартные группы вида VDbId ( 4294967294 ), при соответствии объектов этим стандартам.
Например, секции пути имеют изначально верные значения параметров сферы и им сразу присваиваются VDbId с номерами типа 4294967294, твоему объекту так-же будет присвоен № стандартного VDb при повторном сохранении.
Это механизм "отложенной обработки" т.е. сначала данные сферы объекта заносятся в отдельную группу VDbId (её можно увидеть в начале W файла) и при повторной обработке W файла она удалится, объект получит стандартный VDb с "длинным номером", если объект имеет параметры, которые ни в одну нормальную (стандартную) группу не лезут - эта отдельная VDbId с кривыми параметрами сохраняется.
Проще говоря, после замены шейпа на исправленный нужно повторно внести его в W файл путем удаления или в редакторе или руками в W файле и повторной установкой, в противном случае исправленный объект может так и остаться приписанным к кривой группе VDb.
add
Важный кстати момент - объект, которому НЕ присвоена стандартная группа параметров сферы (вместо неё присваивается временная, с простым порядковым номером см. выше) будет под определенным углом разрушать окружающие объекты, иллюстрация:
здесь километровый столбик из ТСМ не обработан повторно и "разложил" проходящий мимо ПС на запчасти

[тогда правда не хватало знаний и это было совсем не весело

].