[TRam_]

Много чем. Если в плане настройки движения поездов - в MSTS задаёшь места, где каждый из поездов должен находиться в определённый момент времени. Как задал в редакторе, так они и поедут в машинисте, ничего изменить уже нельзя, и от игрока никак не зависит (ну разве что игрок может с ними столкнуться), одни и те же поезда будешь встречать в одних и тех же местах.

В trainz задать движение поездов с привязкой по времени нельзя (т.е. можно только подобрать им ограничения скоростей движения, чтоб они приходили к какому-то времени, причём неточно) , но зато есть их взаимодействие (т.е. они либо с дефолтным машинистом, либо с маршрутизацией - "автоматизированным диспетчером" могут освободить друг для друга путь, подождать, пока не освободится путь, и т.п., причём в реальном времени). Потому, если правильно настроить, в зависимости от скоростей движения игрока и генератора случайных чисел поезда будут каждый раз ходить по-разному.

Ну это что касается движения поездов, есть различия в графике, звуке, способе установке дополнений, оценки прохождения (по факту в trainz отсутствует) и многим другим. Причём MSTS является в основном "симулятором единственного поезда", из состава в состав в нём не попрыгаешь как в trainz.