Все именно так, как сказал
Zabor
Смотря как вы её запускали. Если прямо из-под Винды через экзешник, то да, затрет

Я, честно говоря, уже 100 лет не устанавливал вторую ОСь, не помню что и как там

Вроде бы просто из-под биоса выбираем другой логический диск, да и все. Но вы меня не слушайте, а то не помню)