Проблема была в том, что при установки еще одной копии MSTS перезаписались настройки в реестре (а если конкретно - путь к папке MSTS).
RTS при запуске читает этот путь и ищет все файлы (маршруты, подвижной состав и т.д.) в папке MSTS по этому пути. Кроме того, некоторые файлы RTS устанавливаются в папку GLOBAL (например текстура дыма, фоновая картинка в меню и т.д.).
Если вы устанавливаете две (или три) копии MSTS, то желательно сделать отдельные
файлы реестра для каждой копии MSTS. Перед запуском требуемого симулятора (RTS/OR) вам необходимо обновить запись MSTS в реестре с помощью файла, который создается по ссылке выше. Внимание! При установке файла реестра для MSTS по ссылке настройки MSTS (качество графики, звука и т.д.) перезапишутся!
Есть еще один вариант, он же самый простой. Не надо устанавливать отдельно две-три копии MSTS для использования в RTS и OR, два движка прекрасно "уживаются" друг с другом и с MSTS. Подвижной состав для RTS совместим c MSTS/OR и не вызывает ошибок. Маршруты для OR сделаны с другим RouteID и с другим названием папки. Это позволяет иметь установленными две копии маршрута - одна оригинальная (для MSTS/RTS), вторая пропатченная под OR (в отдельной папке).