[Seraphymm]

Проще всего видео 50i выгрузить на Youtube , а затем закачать обратно полученный MP4... Движок сделает deinterlace автоматически И ещё там полезные фильтры есть - deshake и levels.
Хотите поковыряться самостоятельно - есть такая бесплатная программулина (для Windows и Linux) - AVIdemux:
http://avidemux.sourceforge.net/
Для Windows существует бесплатный VirtualDub:
http://www.virtualdub.org/
В составе обоих пакетов есть фильтры Deinterlace.
Для пакетной обработки имеется AVIsynth с фильром yadif.

Скрытый текст:

Работает неплохо, но проблема может возникнуть в канале красного (например в кадре быстрый танец в красном костюме).

Пожалуйста, уточните, на выходе вы какой файл хотите получить, где будете проигрывать его?