Проблема частично решена.
SW и s-файлы теперь открываются через стандартный проводник, но нивкакую не хотят через Total Comander.
Переустанавливал всё с нуля, не помогает. Снова и снова вылезает эта ошибка
http://ib1.keep4u.ru/b/080823/9b/9b3bf87befbd27cd6f.jpg
Пока-что замечен один косяк с dll'ками. Почему-то в папке System32 (папка для 64х-битных библиотек) файл такой же как в SysWOW64 (папка для 64х-битных библиотек). А должны быть разные. Т.е. 64x библиотека убилась.
Замена рушит ОСь. Система восстановления ошибок не выявляет.
В выходные попробую загнать в виртуальную машину свой бэкап винды, посмотреть что там.