Это что-же, что-то переписывает файлы на старые в директории МСТС при перезагрузке? Это серьезная хрень, маловероятно, что вот так просто можно угадать что за тулза это делает.
Вот
тут описаны файлы патча, попробуй установить его в очередной раз и выставить на эти файлы атрибут "Только чтение", может не заменятся, хотя это полумера.