Как вариант - проверить режимы IDE ATA/ATAPI контроллеров (какой там режим - DMA, UDMA или что-то другое). А то может SATA-контроллер на материнке барахлить. У меня было такое, всё время хард шёл в PIO-режиме (и это в любом слоте), пришлось купить вставной SATA-контроллер так как иного решения проблемы не нашёл а в инете фигню всякую советуют типа шнур поменять или отключить контроль ошибок в реестре (на деле отключение контроля ошибок всё равно не спасает от них и хард как тупил так и будет тупить).
Алсо, для поверхностной проверки рекомендую CrystalDiskInfo 5.6.2. Если есть что, оно покажет в таблице:
