Тут, на trainsim.ru где то лежал туториал по созданию альфа-канала в МСТС. Но там описываются случаи, когда альфа-канал находится в одной модели. В моем же случае второй альфа-канал вынесен во фрейтаним. И второй альфа-канал жрет первый альфа-канал в основной модели, но не жрет, что под ней. Во фрейтаниме я ставил альфа-канал как в 1 ID так и во 2, но ничего не менялось.
