Если в материале присутствует Solid.... то на модели эти места будут как непрозрачные, то есть, на местах показанных на текстуре альфой можно расположить много полезного
Посмотри на раскладку текстур к моделям РОМа, там все сделано именно этим способом. Если Солид, то по альфе можно рисовать, но если ты будешь применять материал как TransNorm или AlphaNorm и т.д., то все вырежется.