Шайтан! Происки полтергейста.
А как ты определяешь что патч "улетучился"?
Добавлено через 7 минут
Проверь что записано в ярлыках и в реестре в части пути к корневой папке МСТС, есть предположение, что у тебя получилось две копии МСТС, путь к одной прописан в ярлыке, другая в реестре, одна с патчем, другая без.
Этим же отчасти может быть объяснено "исчезновение" файлов - ставил в одну копию, а ищешь в другой.