Нужно по таким этапам делать:
0. Продумываем СРАЗУ всю карту. Все станции, всё движение, всю логистику.
1. Прокладываем всю путевую на карте вообще.
2. Прокладываем везде на стрелках невидимые пути.
3. Меняем на всех стрелках положение левера.
4. Устанавливаем везде, на всех станциях и на всех путях светофоры, причем:
4а. устанавливаем светофоры постанционно. Протсо из-за удобства: сигналка запоминает к какой станции был привязан предыдущий светофор и новый светофор привязывает сама к этой станции. Если метаться по станциям, сначала входные везде, потом выходные, маршрутные, потом маневровые - где-то обязательно забудешь про станцию и привяжешь светофор к не той станции. Потом геморно будет искать пропажу светофора
4б. А вот проверку сбора всех маршрутов можно делать и поочередно.
5. Обкатать карту, проверить что все маршруты собраны, все найдены, по всем маршрутам поезда ходят. Убедиться, что логика работы соответствует желаемой. При необходимости на этом этапе менять путевое, менять мршруты и направления, добавлять, переносить объекты индустрий.
6. И только после этого задавать приоритеты, удалять лишние маршруты.
7. Настраивать команды машинистам и организовывать движение.
8. Делать окружение и одновременно тестировать движение. Оно и приятнее: прошлый раз когда тестировал подход состава голые холмы были, а сейчас едешь - уже городок вырос. Или там лесок какой появился и уже трактор поле пашет
8. Любое дальнейшее изменение путевого приведет к необходимости заново задавать приоритеты и маршруты. Для 2-3 станций с 5ю путями на каждой это еще не очень страшно. А вот для станций 5-7, на каждой по 50 (входные 4 шт, четыре парка прибытия-отпарвки по 4 пути в каждом + 4*2*4 = 32 шт, маршрутные между парками примерно 8 шт == 44 светофоров) поездных светофоров - уже расстановка приоритетов становится столь же занимательной процедурой, как и установка леверов стрелок.