Ничего особо раскладывать не надо. Службы не трогай. По умолчанию у CPU-Control включён режим "авто", службы сами разложатся.
Я делаю так: запускаю МСТС, потом выхожу на рабочий стол (Alt+Tab), запускаю CPU-Control, выбираю train.exe, жму на нём ПКМ и в выпадающем меню выбираю CPU 1+2.
Потом НЕ ЗАКРЫВАЯ CPU-Control опять запускаю МСТС. Ещё можно настроить так, что бы при запуске приложений CPU-Control сам всё это конфигурировал, но я этим не пользуюсь...
P.S.: Тут на форуме, где-то тема была про CPU-Control, поиском поищи, там всё это обсуждалось, а то модераторы нам тут сейчас по башке настучат за флуд 