Значит так парни, может кому пригодится. Переустановил сим, с оригинальной аглицкой версии. Перестали восприниматся дефолтные кнопки управления тормозами. Решил перебиндить их на другие, так как причина скорее всего в моей клавиатуре, немного нестандартное расположение кнопок, и то что Винда стоит аглицкая с MUI паком. Так вот для паровозов и тепловозов все нормально получилось, а для электровозов не записывались измененные кнопки. Изменяешь, записать, входишь опять в настройки, а там все как раньше.
Вылечилось проверкой, при помощи FARa, атрибутов файлов в корне игры и снятием с них пометки "только для чтения". Может, кто еще столкнется с этим, так вот и вариант решения проблемы. Буду рад, если кому это поможет.