Скрещения в Зилупе 3.6 отличаются от 3.3. Сервис, с которым скрещение, должен стартовать с бокового пути и заканчивать свой путь на боковом пути. Советую полистать темы -
о сигнализации APK (с поста #280 и до конца),
обсуждение маршрута и его сигнализации на форуме. А также рекомендую просмотреть сценарии "Грузовой до Айзкраукле", "Поезд 864 Свердловская жд" - оба выложены здесь на trainsim.ru, "
Грузовой №2012", ну и другие сценарии для Зилупе 3.6 и мой сценарий для БМО 1.8 "6792 Дмитров - Александров" (в нем двойное скрещение по Иванцево есть, а по Желтиково у меня такая же проблема - стает у выходного
) для наглядности.