Получается, надо просто опытным путем понять конкретные причины.
В каждой новой версии бывало что-то "не так". Например, после TRS2006 в 2009-й версии при использовании Path Control надо врзвращаться в главное меню после редактора. Или, например, в самом раннем, и в общем-то довольно производительном билде 37625 были проблемы с ошибкой скрипта "Junction base", блокирующей стрелки при выполнении обычных команд. Зато в 2010-й и выше версии появилась одна особенность - при удалении ненужных объектов с карты способом копирования не удаляются объекты с точками привязок для сплайнов и рельсов.
В большинстве случаев, чем новее версия, тем лучше Trainz.
Я где-то даже выкладывал несколько скриншотов от TRS2006 до Trainz12, для сравнения.