А у меня все маршруты нормально работают в одном МСТС-е

Для этого достаточно дружить с Train Store и заменять Глобал перед запуском того или иного маршрута. И количество локомотивов здесь совершенно не при чем-у меня на данный момент папка Trainset занимает около 40Гб на диске. И количество установленных локов и вагонов соответствующее.