.wag - вагон, .eng - локомотив, электропоезд в примере располагается естественно в одной папке, при этом состоит из прицепных вагонов и моторных, прицепные нужно тянуть .wag, моторные (тяговые) .eng соответственно обеспечивают тягу.
Электропоезда это самые сложные составы в МСТС т.к. сочетают в себе разные по назначению единицы ПС, распределенную тягу и требования к синхронности работы тяговых единиц. Кроме того головы "числятся" локомотивами, чтобы из них можно было управлять и пользоваться световыми приборами, но на самом деле в правильно настроенном электропоезде практически не имеют мощности по тяге, т.е. это вагон, применительно к физике состава.
Прицепные и моторные вагоны при тщательном моделировании ЭП не повторяются и имеют уникальные номера и особенности, т.е. каждый вагон в составе уникален, как в примере.
С путями не мудри, инсталлятор сам создаст папки при установке, поле этого в менеджере нажимай обновить - при правильной установке единица будет установленной.
add
А это что? (просто названы "состав", чтобы враги не догадались

)
Подожди, а почему ты все время про файлы спрашиваешь? Их там и не должно быть, ПС, как правило, выкладывается в exe инсталляторе, который при запуске устанавливает вагон или локомотив или в архиве для "ручного" извлечения и установки.