Самый лучший вариант, это установка метромаршрута в отдельную копию МСТС. Наверняка не один диск на компе. Не поленитесь поставить отдельную, чистую версию игры по рекомендациям с этого сайта
http://zaborin.ru/msts/ и будет вам счастье. Проверено лично, все работает.