Сначала делаем бэкап1.
Да, необходимо знать их номера чтобы не ошибиться, если это одиночные или рядом с основными:
Потом заходим в екстрактор тайлов, загружаем свой роут, дерево клеток, приближаем, и или выделяем нужные, или выделяем группу, потом удаляем.Сохраняем дерево клеток
Смотрим в редакторе роут, не удалили ли чего лишнего.