Какой такой ярлык, там лежит файл train.exe от 1.4 для замены train.exe в папке MSTS, Bin патч читает его свойства и установится хоть в папку "кишки бина" на рабочем столе, если в ней предварительно будет лежать train.exe от 1.4,
подробнее про кишки.
evgeny, положи скачанный train.exe в корневую папку MSTS с заменой того, что есть и устанавливай Bin в эту же папку, а не туда, куда он сам хочет установиться, начитавшись реестра.