Malsenkler,
По первой части:
Лучше стартовать трафик с боковых и запущенных путей в глуши лесов

, это дает шанс на то, что его появление "не спалит" игрок из миссии и на появляющийся трафик никто не налетит на ходу, оказавшись в ненужное время в ненужном месте, игрока за это крушение уволят. Даже если это будет два трафика.
Если таких путей нет и место просматривается из миссии есть выход (если MSTS патченная) - стартуем трафик заведомо раньше игрока или времени его появления в этом месте, даже если он примчится сюда на предельной скорости с отключенным сходом.
После чего ставим трафик на точку ожидания, он спокойно родится, когда его никто не видит, возможно, даже за 2-3 минуты от начала самой миссии) и встанет на точку ожидания, через заданное время он поедет.
Тоже самое с исчезновением трафика - или в глуши, которую из миссии при всем желании не увидишь или сначала остановиться на точке ожидания, а когда игрок гарантированно уедет во свояси продолжить путь к концу пути, где испарится (точка может быть и 1000 и 2000 секунд).
По второй части - MSTS готовит маршрут задолго до подъезда поезда, это относится как к трафику, так и к игроку т.е. к любому сервису (как на настоящей ЖД).
Т.е. в сценарии на пути следования трафика должен заранее появиться или подъехать другой трафик или невидимка, что касательно сервисов одинаково, тут все решает время.
Частично это относится к первой части, пример решения задачи: станция, два пути, нужно отправить игрока, следом трафик, появление трафика игрок видеть не должен, приехать трафику неоткуда.
Решение: допустим миссия стартует в 14:00, тогда невидимка, закрывающая путь отправления трафика на участке от выходного/маршрутного светофора до выходной стрелки появляется в 13:58 и стоит на точке ожидания 130 сек (2 мин 10 сек).
В 13:59 на своем пути рождается трафик, но выход с пути ему закрыт светофор красный и маршрут не подготовлен, потому как путь заведомо заблокирован невидимкой.
В14:00 на соседнем пути появляется сам игрок со своим поездом, ему готовится маршрут (переводятся стрелки, переключаются светофоры), ему будет зеленый.
14:00:10 невидимка продолжит движение и достигнув точки конца пути исчезнет, но трафику будет продолжать гореть красный т.к. маршрут не может быть подготовлен по участку, который занят маршрутом игрока, который был подготовлен на 10 сек раньше, опять как на настоящей ЖД.
Игрок спокойно отправляется, трафик поедет за ним, время, за которое игрок отправится на трафик не повлияет, он будет терпеливо ждать освобождения участка.
Вроде подробно расписал

.