Путевые маркеры (светофоры, переезды, маркеры путей станций и т.д.), частично секции путей и стрелки обрабатываются при
втором сохранении, после любого изменения в путевых маркерах нужно обновить данные в *.rit, *.tit файлах и "зазеркалить" изменения в *tdb, *.rdb, это произойдет после второго сохранения.
Чтобы второе сохранение было активным (не простое нажатие "сохранить" дважды, когда нет изменений между сохранениями) требуется любое изменение в статических объектах,
подробнее.