Хе хе есть такая расхожая фраза - "Переустановка Windows это как разморозка холодильника - эффективно, но ненадолго".
Программы, да и сама Windows будут гадить в систему и это неизбежно, по моему личному опыту годами не переустанавливаются и сохраняются в идеальном состоянии ОС в двух случаях - серверные, где всё идет транзитом и чем там админ меньше появляется тем лучше, и второй случай на компьютере, который никогда не включается.
Это я всё к чему - люди не майтесь ерундой, ни один чистильщик на 100% не отличит нужные записи реестра от ненужных, тоже и с файлами.
Вот только один пример, установили софт, юзали, но еще не сохраняли созданные проекты (только редактировали имеющиеся), в реестре лежал путь для сохранения проектов, пришел чистильщик и сказал, что по по этой ссылке реестра нет даже папки, её (ссылку) надо замочить!
"Нормальный" чистильщик предлагает юзеру самому разрулить такие ситуации, выкатывая список на удаление из 1001 строки, утомившись от скрипа мозгов на 508 строке юзер жмет Ок йа, йа удалить этот мусор...
Последствия могут быть самые разные и интересные, простое вываливание загрузки виндов после "чистки" рассматривать не будем, как прозу, то ли дело сколько может несчастный юзер огрести глюков

, потом начнется озарение - оно раньше работало!
Это чистильщик виноват! Плохой чистильщик в топку его!
К чему вся эта сага, - не парьтесь с чисткой, установите один раз нормально винды и сделайте бэкап системного диска в файл, начались проблемы - откатили и радуйтесь жизни.
Естественно перед бэкапом настраивается всё, что нужно, драйверы, сетевые соединения, инет, офис и т.п.
Потом придет опыт, будут вычислены программы, которые могут работать из папки Program Files расположенной на НЕ системном диске и не требующие перестановки после отката, у меня например 3ds Max 8 запускается в чистой системе без переустановки, как говорится было бы желание.
Да и бэкап никто не запрещает пересоздать после отката снова, если вспомнили и сразу доустановили важную программу, при следующем откате она уже будет в чистой системе, вместе со всеми настройками.
При этой системе не потребуются чистильщики и прочая хрень, вирусы и порнобаннеры тоже не страшны, системный диск будет перезаписан с закатыванием бульдозером в асфальт как вирусов, так и накопленного мусора.