Что-то как-то очень не просто вы тут написали

, что даже не совсем понял я корень зла. Всё сохраняется очень просто. Нажимаем save,или save as...а дальше выбор - сохранять сессию,сохранять поверх старой, и т.д.
После выбора нужных параметров,жмём галочку,и всё ОК. Или просто нажимаем выход,он сам предлагает сохранить, галочку нажимаем и всё. СМР вам в этом процессе вообще не нужен,Если конечно вы её не собираетесь экспортировать.
Единственное что в СМР может быть,так это то, что она открыта для редактирования (для работы в игре не должна быть),по логике из-за этого она и может быть доступна только для чтения,но и в этом случае у меня он всё-равно её автоматически "комитит" и сохраняет. Может версии разные у нас. Может из-за этого у вас не сохраняет. Если так,то вам просто надо её "закомитить" в СМР