Похоже проблема в скором, который пропускаем в Наре. Моя версия:
У тебя он появляется раньше, чем игрок. На Киевском происходит глюк сигналки - зелёный и нам и ему, однако он стоит, а мы едем. В итоге мы становимся призраком, тк едем по маршруту скорого, и "мыльный пузырь" лопается перед Бекасово в виде красного.
Предлагаю скорый на вокзале поставить статикой, а потом его "родить", например, на боковом пути Апрелевки или на съезде с БМО в то время, когда мы уже точно проедем. Хотя можно и вслед с Киевского отправить, но в этом случае он будет жрать лишние ресуры. Главное чтобы он родился после нас и желательно не на том пути где мы едем. Обгон в Наре делаем с помощью невидимки. Там довольно удобно светофоры расположены. Если вдруг проходил мой сценарий
"6161 Москва-Калуга" (тоже первый), там такая же ситуация реализована с помощью ЧМЭ3 (Тогда думал что электроневидимка не поедет в неэлектрифицированный тупик). И реверсивные точки не понадобятся (первый раз их не увидел, не туда смотрел

).
Однако всё равно есть большие сомнения по поводу входного Обнинска... Но там, в крайнем случае, думаю можно и на правую платформу перевести.