Да, ты прав, спасибо, эта миссия очень старая, невидимки я тогда не умел делать правильно и действительно получается так, что маршрут невидимки готовится раньше, чем игрока, (так и должно быть). Но при лобовом направлении, если получится так, что его путь кончится на сантиметр за выходным со стороны станции, MSTS электричку на путь не пускает.
Сигналка же отрабатывает состояние пути по факту и раз он свободен в данный момент (стрелок переводимых под маршрут сервиса и влияющих на сигналку в данном случае нет) открывает входной, однако MSTS приготовила этот путь раньше под заезд невидимки, пусть даже на 1 см, вот и стоим под жёлтым в трафике.
В общем исправил направления и пути невидимок по новой схеме старт перед выходным - проезд выходного, точка ожидания, конечная точка (тут место позволяет обойтись без реверса) и все заработало

.
Еще прикол:
Подправил временно для всех вагонов, имеющих параметры контроллера (пока искал причину)
Notch ( 0.01 0 Dummy )
на
Notch ( 0.05 0 Dummy )
Проходит входной с замедлением и неправильным невидимкой, проскакивает что-ли

, т.е. если маршрут на путь готов другому сервису (невидимке), а первая позиция 5% тяги, то можно и заехать на приготовленный другому путь (что меня и запутало), дурдом на колёсиках ё моё

.
Ладно еще одна проблема преодолена, спасибо большое, продолжим-с, ЭРку я тогда так-же оставлю в Киеве на перроне (на точке ожидания, когда она трафик) под следующие пригородные миссии, так проще, и я понял, что полностью соответствует реальности.