У меня похоже тоже проблема с переключением направления перегонов, только поездных: после того, как по маршруту проходят нечетные поезда, пустить по этому пути четный уже не получается, даже если несколько раз перезадать маршрут, светофор пишет "перегон заблокирован/встречное направление перегона".
Ещё возникают такие ошибки:

Версия 0.6 у меня, если поставить из ссылки выше, будет работать нормально?