Это следствие использования кнопки выравнивания сплайна. В рельефе генерируются точки привязки, обеспечивающие беззазорное "слипание" рельсов с землёй после её нажатия. После замены сплайна они слетают. Просто нажми кнопочку ещё раз.
__________________
|