Никаких проблем не будет. У меня в компе четыре винта (те, что на картинке внизу — SATA, четвёртый — IDE, ревут так, что вибрирует стол) и работает всё согласно расписанию. У SATA мастер-слэйва действительно нет, кем стоит IDE-шный винт, тоже особого значения не имеет, главное, чтобы с ним другой мастер (или раб) на одном кабеле не висел