Раз реестр и резервный архив не помогает можно предположить, что дело в каком-то ПС, установленном последним или в сценарии при считывании которого происходит сбой, возможно это маршрут.
Как вариант просмотреть
менеджером сценариев все ли в порядке, удалить пройденные сценарии, если опять не айс - архивировать ПС с удалением папок (в случае перегрузки или подозрения на сбойный), потом архивировать маршруты по одному в архивы, расположенные в той-же папке (сим их не увидит).
Случай с перегрузкой CON файлами легко проверяется отсадкой половины в левую папку из папки CONSISTS.
Еще вылетать без предупреждения или с ошибкой памяти любит EXE от патча 1.8, для пробы можно временно подменить на 1.7, сохранив свой, 1.7 для проверки лежит
тут.