Слава, даты модификации файлов проверял, но на случай полтергейста устанавливал на второй машине "с нуля" (заодно забэкапил дефотные системные файлы), тестовый маршрут в "нулевой" - тоже самое.
Тут дело не в глюке, а на 80% в моих личных требованиях к пути и точности, которую может MSTS обеспечить, знаю, что это тормозит строительство минимум в пять раз, но такой уж характер - если что-то не устраивает никогда не смирюсь, буду перекладывать и корректировать 10 метров пути хоть 18 раз, но будет так как нужно, тут уж ничего не поделаешь, такой я упертый =)).
Оставшиеся 20% - это откровенные ляпы MSTS в стыковке на краях тайлов, их можно найти практически в любом маршруте, особенно, где есть хорошо сделанный профиль.

для меня осталось загадкой, что такое "при ровном стыковании секций".