Всё он правильно считает. В статистике надо смотреть на последнюю цифру:

Она и будет равняться отображаемому в Shae Viewer числу.
Количество "до конвертации" - это число полигонов в понимании ТСМ, он и четырех-, и пятиугольник и т.п. считает за 1 полигон. А при конвертации они делятся на треугольники, так как МСТС воспринимает все детали сложенными только из них. Соответственно, реальное количество полигонов в модели - это число треугольников + удвоенное число четырехугольников + утроенное число пятиугольников + ... и так до 64
Предел, по моим наблюдениям, где-то около 6 тысяч фейсов. А вообще опоры КС на 4 тысячи поликов - это самоубийство. На 4 сотни делать надо. Оптимизмруй! Используй текстуры с альфой, где это возможно, уменьшай число граней и т. д.